质地黏重的土壤容易板结，使果树根际环境通气不畅，影响根系表面的气体交换和吸收，导致根系活力减弱，阻碍了根系对养分的吸收利用，从而造成地上部分植株缺乏营养，株矮叶小、发育不良。不仅如此，黏重的土壤在干旱时容易裂开，拉伤根系或将根暴露在空气中，雨后还会阻碍水份向下渗透，形成果坑积水，导致根系沤根。果树根系也是需要呼吸的，如果地势过低或是地下水位过高，土壤水分含量长期过重，导致果树根系沤根缺氧，呼吸缓慢，根系对水分和无机营养等的向上运输过程也会减慢。地上部分接收不到根系的营养，自然长不好，常表现出黄化落叶。
土壤中缺乏某一种或多种果树必需的矿质元素，果树地上部分表现出相应的缺素症状。
土壤中有害生物、微生物种类极多，光在柑橘上导致根系腐烂的就有疫霉菌、腐霉菌、镰孢菌、蜜环菌、杯伞菌等十多种病菌。我们来看看果树根系常见的病虫害。该病害发生在果树根颈和根部，先是根颈变褐腐烂，逐渐蔓延扩展，产生白色绢丝状薄膜，菌丝可以蔓延到根颈附近土壤，严重时果树根颈部位土壤充满白色菌丝，菌丝薄膜上形成菌核。感病部位皮层腐烂后引起叶片枯死脱落，严重时全株枯死。在水分潮湿条件下菌丝可直接蔓延到下部叶片，产生大量白色绢丝膜，包围下部枝叶，使叶片出现水渍状斑，在绢丝膜上产生菌丝。该病是一种真菌性病害，病原为半知菌亚门小核菌属真菌，寄主范围广泛，达200种以上，在土壤、病残体、杂草上越冬，土壤中可以存活4年以上。
染病果树地上部分叶片变黄、早落或叶片变小，枝叶稀疏，枝条枯萎死亡；有的果树在根颈部位会发生流胶现象。
在果树受害的病根皮层内，病根表面及土壤内，可以见到黑褐色的根状菌索。果树幼龄树及成年树均可感染。病株叶片萎蔫、卷缩，叶片失水青干，枝条干枯，吸收根大量腐烂，稍用力拔病根，表皮即断裂，并与中柱分离；当细小的侧根发生此病后，去掉根的表皮后，除留中柱外，还有丝状的韧皮纤维。植株感病初期病部树皮呈不规则的湿腐状，颜色变褐常渗出褐色胶液，树皮腐烂，具酒糟气味。病害可向下蔓延至根群，引起主、侧根甚至须根大量腐烂。与根腐病的区别在于该病主要发生在主干基部。主要危害果树根系，细根先发病，然后扩展至侧根、主根直至树干基部。病根初期形成黄褐色不定形斑块，内部皮层组织呈褐色病变。病根表面有浓密的暗紫色绒毛状菌丝层，并长有暗色菌索，尤以病健部交界处明显。菌丝层及菌索的色泽，在开始时较红，以后逐渐转深，后期病根皮层组织易腐烂，但表皮仍然完好地在外边。果树感染紫纹羽病后，地上部分生长衰弱，小叶发黄，枝条节间缩短或部分干枯。一般情况下，病株往往要经过数年才会死亡。紫纹羽病是一种真菌性病害，病原为担子菌亚门桑卷担属真菌。主要发生在果树根系和根颈处，产生白色菌索和菌丝膜。
发病初期，根系表面产生白色菌索，逐渐扩展蔓延，严重时病部表面和土壤缝隙中布满白色菌丝膜，病根表面产生菜籽状褐色菌核，根表皮柔软腐烂，木质部腐朽，皮层极易脱落。在潮湿地区，白色菌丝蔓延到地表成蛛丝状。地上部分表现为叶小而黄，发芽迟，新梢短，树势衰弱，枝蔓上产生幼嫩气生根，枝条枯萎，严重者全株死亡。病原为子囊菌亚门褐座坚壳菌，在土壤中越冬，可存活5年以上。地上部分多表现为叶片黄化并失去光泽，严重时会有卷叶现象，新梢抽发迟，叶小而薄，转绿缓慢。地下部分因线虫种类不同会表现出不同症状，主要包括根瘤和根腐两种。根系的害虫主要有根粉蚧、蝼蛄、豹蠹蛾、天牛、金龟子幼虫、根结线虫等，有时老鼠也会啃食根颈树皮。很多种植户都会对果树进行环割。环割切断了叶片合成的有机营养向下输送的渠道，使其运送到果实等部位，起到保果、提升果品质量的作用。但是如果盲目割弱树、增加环割次数或者环割过深，根系会因得不到养料而“饿死”。
果树挂果超量，树体营养大量转运到果实，根系同样会因为得不到足够的营养而“饿死”萎缩。
修剪要有整体性，避免“一刀切”，尤其是对需要重截回缩更新主枝的果树，回缩量比较大的话分两三年进行，一次性大量的修剪对树势影响很大，养根措施配套不到位的话有时树势两年都不能恢复。
施的化肥太近、太多、太浓；有机肥没有腐熟、没有拌匀就堆埋到根系都能导致烧根。长期不重视埋肥只表面撒肥导致根系上浮 ，根系也容易被晒伤冻伤。
总的来说，果树根系问题很多，只看地上部分表现出的症状难以判断，这就难怪很多专家都说不清楚，还是要自己挖开果树根部，具体看看问题所在。 
